Μετά τα προβλήματα που αντιμετώπισε την τριετία 1998-2001, ο Πανθρακικός είχε ήδη ξεκινήσει την αντεπίθεσή του για την επάνοδο στις Εθνικές κατηγορίες.
Αυτό έγινε τη σεζόν 2003-2004 όταν και επέστρεψε στη Δ’ Εθνική κατακτώντας την 5η θέση. Ένα χρόνο μετά όμως, υπό τις οδηγίες του Κώστα Βασιλακάκη ο σύλλογος αναδείχθηκε Πρωταθλητής και προβιβάστηκε και πάλι στη Γ’ Εθνική.
Συγκεκριμένα τερμάτισε στην 1η θέση με 77 βαθμούς, δέκα περισσότερους από την 2η Ανακάλυψη Δράμας, σε έναν όμιλο στον οποίο επίσης συμμετείχε και η Δόξα Γρατινής.
Αυτή την επιτυχία “θυμήθηκε” ο Πανθρακικός που συνοδευόταν με το παρακάτω μήνυμα:
“Να γυρίσουμε πίσω στα γήπεδα για να ζήσουμε ξανά μεγάλες στιγμές… ”
